A Kárpát-medence német kisebbségi mintáinak részletes genomikai karakterizálása

Letölthető dokumentumok: - Beleegyező nyilatkozat
                                       - Adatlap

Összefoglaló: A német kisebbségi populációt (elsődlegesen a Donauschwaben, Erdélyben a szászok) reprezentatív nagyságú mintából álló gyűjtemény keretei között, az örökítőanyagban (=DNS) rejlő információkat megcélozva, két genetikai vizsgáló módszer segítségével szeretnénk vizsgálni. Ezek a módszerek lehetővé teszik a populáció genetikai összetételének (=populációgenetika), az egyén/populáció genetikai felépítése és a gyógyszerek hatása közti összefüggéseknek (= farmakogenomika) (Illumina Infinium GSA v3.0 microarray), valamint a teljes génállománynak (=„whole genom”) molekuláris biológiai módszerekkel történő meghatározásán (WGS) alapuló orvosbiológiai kutatási célú vizsgálatát. Ezekből a vizsgálatokból eredményül egy 16,138 gént érintő 720,000 DNS szekvencia-variációt (=SNP) magába foglaló adatbank keletkezik. 

Célok:

1., Populációgenetikai vizsgálatok, melyek magukban foglalnak genetikai eredetvizsgálatot,

2.,  a több mint 16,000 gén betegséget okozó (patogén), illetve betegség(ek) kialakulására hajlamosító SNP-jeivel kapcsolatos klinikai vizsgálatok kivitelezése, kiemelten kezelve az American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) által ajánlott ún. „actionable, opportunistic screening” csomagot,

3., a több mint 16,000 gén farmakogenomikai vonatkozású SNP-jeivel kapcsolatos klinikai vizsgálatok kivitelezése.

Mindez így egy számos eredménnyel kecsegtető tudományos projekt, része lehet egy átfogóbb „HUNDIS” (= Hungarian disesases) projektnek, amelyben a Magyarországon élő emberek, beleértve a Kárpát-medencei kisebbségek széleskörű vizsgálata lehetséges. 

A vizsgálatba olyan sváb származású emberek jelentkezését várjuk, akiknek felmenői önbevallás alapján nem keveredtek más nemzetiségű populációk tagjaival, vagyis a család 4 generációra tekintve tisztán sváb. Egy családból (= 2. unokatestvérig) csak egy vérminta vizsgálható. A résztvevők az összesített eredményekről részletes tájékoztatást fognak kapni.

Egyedi adatközlésre olyan esetekben kerülhet sor, amikor a fent részletezett vizsgálatok során olyan genetikai eltérést találunk, amely biztosan, ismert betegség kialakulásához vezethet. 

Alkalmunk volt egy olyan hazai populációs biobankot létrehozni, amely megközelítőleg 150 Duna menti Sváb (Donauschwaben) származású lakos mintáját is tartalmazza. A minták rendkívül körültekintően lettek válogatva: csak olyanok kerültek bele, akik önbevallás (valamint a családfák felrajzolása) alapján nem keveredtek más nemzetiségű populációk tagjaival, mindkét szülőjük, és minimum mind a 4 nagyszülőjük sváb eredetű volt, ismert dunamenti lakhellyel. Tekintettel arra, hogy ezen közösségek saját véleménye szerint is a 3 generációval ezelőtti populációk még ennél is szorosabban zártak voltak, azaz a közösségek csakis egymás között házasodtak, feltételezhető, hogy olyan gyűjteményre tettünk szert, amely segíti a genetikai keveredéstől mentes populációgenomikai alapú történelmi visszatekintéseket. 

Az eredményekből egyértelműen kiderül, hogy a vizsgálatba bevont Svábok zárt közösségből származnak, genomikai értelemben is, keveredésük más népcsoportokkal nem volt detektálható. Genomikai értelmezésben jól elkülönülnek a környező magyaroktól, és a Kárpát-medence, ill. Európa egyéb környező népeitől is. További, többek között eredetükre irányuló vizsgálatuk mindenképpen indokolt, amelyet a mintagyűjtemény minősége a messzemenőkig lehetővé tesz.

Részletek, módszerek:

Az eredmények felkeltették több Magyarországon és határon túl (Szeben, Románia) élő sváb közösség figyelmét is. A Tübingeni egyetem is csatlakozott, rendelkezésünkre bocsátott egy 3,000 mintából álló adatbázist, melybe jelenleg Németországban élő német állampolgárok kerültek bele, akiket egyéb okok miatt a COVID járvány kapcsán vizsgáltak. Ez kevert populáció, amiből ki kell válogatnunk a kisebbségeket (pl. török vagy más nemzetiség), és készítenünk kell egy koherens és homogén gyűjteményt vagy gyűjteményeket, melyekről feltételezhető, hogy nem tartalmaznak nem német őslakosságtól származó mintázatokat, ami a mi sváb mintáinkkal történő összehasonlításához elengedhetetlen. Tovább menve, ugyanezen minták és plusz svábok összevetésével együttesen tudjuk vizsgálni a német populáció időben távolabbi eredetét is. 

A genotípizálás (=módszer, amivel meghatározható, hogy az adott egyén mely genetikai variánssal rendelkezik), amely a vizsgálatokhoz szükséges genomi adatokat szolgálja, Illumina Infinium Global Screening Array-24 v.3 BeadChip-en történt, amely 720.000 SNP-et foglal magába. Ez lenne a primer platform a jövőben is. A vizsgálat kivitelezése a Rotterdami Komplex Genomikai Központban történt, illetve fog történni, ami önmagában is biztosítja a magasan kvalifikált, nemzeti hovatartozás tekintetében pártatlan laboratóriumi helyszínt. A variánsok 16,318 génhez köthetők, amelyek között szerepelnek gyógyszerfelszívódással és - kiürüléssel, gyógyszerre adott válaszokkal, különböző ráktípusokkal, kardiovaszkuláris betegségekkel, transzplantációs kilökődéssel, immunrendszer rendellenességeivel, autoimmun betegségekkel, különböző gyermekkori ritka betegségekkel, különböző betegségekre hajlamosító tényezőkkel, Alzheimer kórral és egyéb betegségekkel összefüggésbe hozható gének. Ezen gének közül az említett mikroarray chipen szereplő SNP-ek alapján 2,647 kulcsgénről már kinyertük a kutatásainkhoz szükséges minden információt, amelyek között szerepel a farmakogenomikával kapcsolatos, és az American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) által összeállított, másodlagos WES, illetve WGS találatokat érintő ajánlásában szereplő mintegy 80 ritka betegséget okozó és hajlamosító gén is. Ugyanezen biobankból válogatott mintákban egy 100-200 fős gyűjteményben teljes genom vizsgálat is megtörténne.